O Museu de Mértola promove exposições temporárias e itinerantes que contribuem para a divulgação do seu  espólio fora do Município.

Exposições temporárias já realizadas:

» Exposição de Fotografia “Mértola por José Manuel Rodrigues, Luís Pavão, António Cunha e Mariano Piçarra”, Mértola, 1997.

» Exposição Itinerante “O Islão entre Tejo e Odiana” (primeira apresentação em Mértola, em 2005).

» Exposição Itinerante “Mértola e Niebla na confluência de dois territórios”(primeira apresentação em Mértola, 2006).

» Exposição Itinerante “Mértola, O Último Porto do Mediterrâneo” (primeira apresentação no castelo de São Jorge em Lisboa, em 2006).

» Exposição Temporária “Síria” (primeira inauguração em Silves, em 2006).

EXPOSIÇÕES TEMPORÁRIAS COM PRESENÇA DE PEÇAS DO MUSEU DE MÉRTOLA

» “Cerâmica Islâmica Portuguesa”, Fundação Calouste Gulbenkian, 1987.

» "Le vert et le brun. De Kairouan a Avignon", Chapelle de la Vieille Charité, Marselha, Nov. 1995 – Fev. 1996.

» "Il verde e il Bruno da Kairouan ad Avignone ceramiche dal X al XV secolo", Faenza (Italia), 1996.

» “Portugal Islâmico. Os últimos sinais do Mediterrâneo”, Museu Nacional de Arqueologia, Lisboa, 1998.

» “Mértola almorávide et almohade”, Galerie des Oudaias (Rabat, Marrocos), 1998.

» “Marrocos-Portugal. Portas do Mediterrâneo”, Tanger, Marrocos, 1999.

» “Les Andalousies de Damas à Cordoue”, Institut du Monde Arabe, Paris, Nov. 2000 a Abril de 2001

» "Pera Guerrejar. Armamento medieval no espaço português", Museu Nacional de Arqueologia (Lisboa), 4 de Abril a 16 Julho de 2000.

» "Pera Guerrejar. Armamento medieval no espaço português", Igreja de Santiago do Castelo de Palmela (Palmela), 28 de Julho a 17 de Dezembro de 2000.

» "Pedras que jogam, jogos de tabuleiro de outras épocas", Museu Municipal Leonel trindade (Torres Vedras) 11 Outubro a 12 Dezembro 2004.

» “El esplendor de los Omeyas cordobeses”, Madinat al-Zahra (Córdoba, Espanha), 2001.

» "Santiago e a Europa", Santiago do Cacém, Julho a Outubro de 2007.

» “Los Jarrones de la Alambra. Simbología y poder”, Palacio de Carlos V de la Alhambra (Granada, Espanha), Octubre de 2006 a Março de 2007.

» “Lusa A Matriz Portuguesa”, Centro Cultural Banco do Brasil, Rio de Janeiro, Out. 2007 a Fev. 2008.

» "O Mundo Islâmico e as colecções da Casa-Museu Anastácio Gonçalves", Casa-Museu Anastácio Gonçalves (Lisboa), 20 Outubro 2007 a 2 Março 2008.

» Exposição “Portugal Eternel – Patrimoine de la Région de l’Alentejo”, realizada no Musée d’Art Religieux de Fourviére, em Lyon, França, de 1 de Outubro de 2009 a 3 Janeiro de 2010.

» Exposição “Arte, Poder e Religião nos tempos medievais. Identidade de Portugal em construção”, realizada no Museu Grão Vasco em Viseu, de 14 de Agosto a 14 de Novembro de 2009.